| Название статьи | стр. | 
| Общая гидробиология | |
| 3 | |
| Водная флора и фауна | |
| 13 | |
| Рыбохозяйственная гидробиология и ихтиология | |
| 25 | |
| Водная микробиология | |
| 36 | |
| Е. А. Соколова. Процесс бактериальной сульфатредукции в донных отложениях озер разного типа | 43 | 
| Экологическая физиология и биохимия водных растений | |
| 52 | |
| Экологическая физиология и биохимия водных животных | |
| 61 | |
| Водная токсикология | |
| 70 | |
| Водная радиоэкология | |
| 82 | |
| Гидрохимия | |
| 92 | |
| Критика и библиографическая информация | |
| 110 | |
| Указатель статей, опубликованных в «Гидробиологическом журнале» в 2009 г. | 116 |